CIBERINFEC es un área temática dentro del Consorcio CIBER, una estructura de investigación única en España en el ámbito de la investigación biomédica y con un gran potencial científico.
El órgano máximo decisorio de CIBER es el Consejo Rector, que está constituido por tres representantes del ISCIII y por un representante de cada una de las instituciones consorciadas. Lo preside el Director del ISCIII y se reúne con periodicidad semestral.
La Comisión Permanente constituye una comisión delegada (formada por el ISCIII y 8 miembros del Consejo Rector que se renuevan semestralmente) que se reúne con mayor frecuencia para tomar con mayor agilidad aquellas decisiones que por su naturaleza no pueden esperar a ser aprobadas en Consejo Rector.
Dentro del área temática de Enfermedades Infecciosas, las unidades básicas y funcionales las constituyen los grupos de investigación.
Desde el punto de vista científico, la estructura organizativa de CIBERINFEC está basada en los grupos de investigación componentes, y su actividad pilota sobre los Programas de Investigación y los Programas Transversales, habiendo un coordinador por cada Programa que pertenece al Comité de Dirección.
Las decisiones científicas son tomadas por el Director Científico, asesorado por el Comité de Dirección. El Comité de Dirección, presidido por el Director Científico, está integrado por los coordinadores de los programas y el gerente de CIBER.